カラーを選択してもらったら
塗りつぶしツールを使ってどんどん指定された色をおいていってみたください。
フォトショップやＳＡＩと違ってコミスタはかなり塗りつぶしに関して線と線を保管する
能力が高いので気軽に使ってみてください。
塗りつぶしツールだけで塗りつぶせない場合は選択範囲ツールを使って選択→塗りつぶしを
試してみてください。

塗りつぶしツールのカスタマイズも参考にしてみてください。

問題は線と線が途切れてしまって選択出来なくなっているところだと思うのですが

ペンツールを使って丁寧に塗ってもかまわないのですがちょっと時間がかかったりしますよね。

そんなときはペンツールを選択してもらい面倒ですが線をかきたしてください。
線を書き足した後、塗りつぶしツールを使えば作業が格段と早くなると思います。